A történet egy testvérpárról, Edward és Alphonse Elricről szól, akik a Bölcsek köve után kutatnak, hogy visszaszerezzék testüket, mivel Edward jobb karját és bal lábát, Alphonse pedig az egész testét elvesztette, miután sikertelenül próbálták alkímiával visszahozni halott édesanyjukat. Ám tudtukon kívül olyan veszélyes játszmába keverednek, amelyben nem csak a saját sorsuk a tét, hanem több millió ember élete is. A teremtő erőt csak egy hajszál választja el a pusztítótól, a Bölcsek Köve pedig olyan eszköz, amely még jó kezekben is veszélyes lehet. Az Elric testvérek pedig még nem sejtik, miféle teher nyugszik a vállukon.